疾病管制署(下稱疾管署) 2026年9月29日表示，2026年度公費流感及新冠疫苗第一階段將於10月1日開打，對象包括11大類：醫事及衛生防疫相關人員；65歲以上長者；55至64歲原住民；安養、長期照顧(服務)等機構之受照顧者及所屬工作人員；滿6個月以上至國小入學前幼兒(新冠疫苗僅包含未滿6歲且從未接種新冠疫苗者)；孕婦；具有潛在疾病者，包括高風險慢性病人、BMI≧30者、罕見疾病患者及重大傷病患者(新冠疫苗包含結核病、失能、精神疾病及失智症患者)；出生未滿6個月嬰兒之雙親或實際扶養者；幼兒園及托育機構工作人員、居家托育人員(保母)；國小至高中(職)／五專一至三年級學生(僅為公費流感疫苗對象)；禽畜相關及動物防疫相關人員(僅為公費流感疫苗對象)。第二階段則自11月2日起，2種疫苗均開放50至64歲無高風險慢性病成人接種。
疾管署說明，本年度流感疫苗接種計畫採購標準型流感疫苗約644.9萬劑與加強型流感疫苗約17萬劑，開打後可視實際需求再分別額外下訂20萬劑與3萬劑，其中加強型流感疫苗將優先提供安養、長照(服務)機構65歲以上受照顧者及機構所屬工作人員接種，以因應人口結構變遷及季節性疫情挑戰。疾管署提醒，符合本年度公費流感疫苗接種資格的民眾，應踴躍接種，以於流感疫情高峰期來臨前獲得足夠保護力。新冠疫苗部分則已採購220萬劑Moderna新冠疫苗，包括190萬劑單劑型及30萬劑多劑型，其中190萬劑單劑型適用於12歲以上民眾接種，已全面升級為新世代疫苗，所含抗原劑量為前一代疫苗的1/5，實證資料顯示，接種後發生發燒及任何局部不良反應的比例約減少一半；且臨床研究顯示，其可誘發近2倍的抗體反應，較前一代疫苗可提供更佳的免疫保護力。